南京地下鐵道有限責(zé)任公司運營分公司是負責(zé)南京地鐵運營工作的實體，隸屬于南京地下鐵道有限責(zé)任公司。運營分公司是模擬市場化運作，內(nèi)部獨立核算的企業(yè)，公司根據(jù)“適應(yīng)市場經(jīng)濟要求，產(chǎn)權(quán)清晰、權(quán)責(zé)明確、政企分開、管理科學(xué)”的現(xiàn)代企業(yè)制度要求，實行總經(jīng)理負責(zé)制，設(shè)有客運部、車輛部、物資設(shè)施部、票卡清分部、財務(wù)審計部、勞動人事部、企業(yè)管理部、教育培訓(xùn)部、技術(shù)部、安全保衛(wèi)部、辦公室（黨政合署）等職能部門，各部門分工協(xié)作，全面承擔(dān)著公司的運營和管理工作。另設(shè)有站務(wù)中心、乘務(wù)中心、票務(wù)中心、控制中心、檢修一中心、檢修二中心、設(shè)備中心、工務(wù)中心、通號中心、供電中心、物資中心、信息中心、機電和自動化中心等13個中心，中心下面還按照專業(yè)設(shè)有工區(qū)，具體負責(zé)運營一線的客運、車輛、設(shè)備維護保養(yǎng)等各項工作。運營分公司一號線編制人員998人，為接管二號線、一號線南延線和二號線東延線，至2009年底，運營分公司人員編制擴大到3000人。
運營分公司成立后首先接手運營的項目為南京地鐵一號線一期工程，主要負責(zé)地鐵一號線的運營工作，包括運營管理、列車運行、控制監(jiān)督、員工培訓(xùn)及對土建設(shè)施、車輛和運營設(shè)備的保養(yǎng)、維修等。地鐵開通后運營分公司直接面向市民，已成為南京地鐵與市民直接交流的一個重要窗口。
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